Devil May Cry 3 comienza en la tienda de Dante, a la que aún no ha puesto nombre, cuando un misterioso personaje llamado Arkham aparece para entregar una invitación de parte de Vergil, el hermano de Dante, en forma de un brutal ataque demoníaco. Tras derrotar a los monstruos que se encuentan dentro y fuera de la tienda, una torre colosal suege del suelo a poca distancia de la misma. Dante siente la presencia de Vergil en lo alto de la estructura y se enfrenta a la situación como si de un desafío se tratara.
En la entrada de la torre se topa con Cerbero, un perro gigante de 3 cabezas, el cual derrota y reclama su alma, que se transforma en una nueva arma. A partir de entonces, las almas de algunos de los jefes finales se convierten en nuevas armas que Dante añade a su arsenal. A continuación, Dante se ve atacado por una mujer en moto, cuyo nombre se descubre más tarde, pero Dante la llama simplemente "Lady". En videos posteriores se revela que Arkham está trabajando para Vergil y que ambos planean hacerse con la mitad que Dante posee del amuleto heredado de su madre con el objetivo de emplear su poder para reactivar la torre, punto de unión entre el mundo humano y el demoníaco. Asimismo, se muetra que Arkham en el padre de Lady, que mató a su madre y que esta desea venganza.
Después de numerosos combates, un encuentro con un ser que se hace llamar "Jester" y otra conversación con Lady, Dante alcanza la cima de la torre y se enfrenta contra Vergil. este último derrota a Dante, le roba el amuleto y desaparece. como resultado de dicha derrota, Dante despierta su poder demoníaco latente y se marcha para buscar su amuleto robado.
Luego Vergil hiere a Arkham ya que no lo necesitaba más ya que había obtenido lo que quería, dejándolo herido en el piso. Luego lo encuentra Lady, en momento en que Arkham aprovecha de manipular a esta diciéndole que fue obligado a hacer todo lo que hizo, incluyendo el haber matado a la madre de Lady. Este le dice que fue manipulado por Vergil, acto seguido Arkham
"muere" y Lady le jura que acabará con ese demonio llamado
"Vergil".Dante finalmente en la sala de control situada en el sótano de la torre encuentra a Vergil quien está tratando de activar dicha torre, pero no puede, ya que según los conocimientos de este sólo se necesita la sangre de un descendiente de Sparda para activar la torre, pero en verdad se necesita mucho más que eso ya que les falta la sangre de una "sacerdotiza". Los hermanos se enfrentan una vez más en un combate que parece muy igualado, dejando la sala practicamente bañada en sangre de ambos hermanos, hasta que interrumpen en escena Lady y, a continuación, Jester. Se descubre que Jester es en realidad Arkham y que ha estado manipulando a todos para juntarlos a todos en ese lugar para así, poder reactivar la torre. Aprovechandose del shock de Lady al ver a su padre aún vivo el cual esta creía muerto, este hiere la pierna de Lady para obtener el último ingrediente que faltaba, "la sangre de una sacerdotiza". El plan de Arkham consiste en introducirse en el mundo demoníaco y robar el "Force Edge", la forma latente de la espada original de Sparda, que contiene la mayor parte del antiguo poder de este, y emplearla para gobernar sobre una Tierra infestada de demonios. En ese momento, se desvanece el hechizo y la torre se transforma y lleva a Arkham hasta la cima, mientras que Vergil cae de la torre y desaparece en medio de la confusión.
- Spoiler:
Dante se abre camino hacia la parte superior de la torre y lucha contra Lady para poder perseguir a Arkham ya que esta jura que acabará con él con sus propias manos. Dante vence a Lady y le presta su arma más poderosa, su bazuka llamada "Kalina Ann" haciéndole prometer que acabaría con la vida de Arkham. Tras llegar de nuevo a la cima, Dante pasa al mundo de los demonios y alcanza a Arkham, que ha asumido la forma demoníaca de Sparda. Abrumado por tamaño y poder, Arkham se transforma criatura deforme ya que le es imposible controlar el poder de Sparda y se enfrenta a Dante. En mitad del combate mientras que Arkham se regodea de que Dante no tiene ninguna posibilidad, Vergil vuelve a aparecer y ambos hermanos luchan codo a codo para derrotar a Arkham. Arkham muy debilitado, es arrojado fuera del mundo de los demonios y cae sobre la torre, donde Lady pone fin a su vida. Mientras tanto, en el mundo demoníaco, Dante y Vergil luchan por poseer ambas mitades del amuleto y termina ganando Dante. Conforme el portal se cierra, Vergil decide quedarse atrás y se desvanece en la oscuridad con su mitad del amuleto.
Al regresar al mundo humano, Dante se encuentra con Lady (su verdadero nombre es Mary, pero no lo usa ya que así le puso su padre) en el extrerior de la torre, momento en que ella acuña la frase "devil may cry" ("los demonios pueden llorar") al ver asomarse una pequeña lágrima en el rostro de Dante por la muerte de su hermano. entre ellos surge la amistad, así como una alianza para acabar con los demonios, y Dante le pone a su tienda "Devil May Cry". Tras los créditos aparece un Vergil tan debilitado como decidido, que aún en el mundo demoníaco, se prepara para combatir contra en viejo enemigo de su padre, Mundus.
